Alle hamstersoorten ruiken anders. Geur speelt bij de onderlinge communicatie een hele belangrijke rol. Via de geurklieren scheiden ze een bepaalde geur uit. Onder ander aan de geur bepalen ze of ze bevriend zijn of vijanden van elkaar zijn. De
Russische dwerghamster en de Campbelli dwerghamster zullen in het wild nooit met elkaar paren. Naast dat ze in verschillende gebieden leven, vinden ze elkaar “stinken”. Ze zijn vijanden van elkaar. Bij de kortstaart dwerghamster zit de
geurklier op de buik en bij de Chinese dwerghamster en de Syrische hamster zitten de geurkleuren op de flanken.
De kortstaart dwerghamster maskeert zijn territorium door hun buik over voorwerpen en grond te strelen. Ze zorgen zo ervoor dat het vocht uit de geurklier achter blijft, zodat andere kortstaart dwerghamsters ruiken dat het gebeid van een ander is. De Syrische hamster doet dit door urine vocht te druppelen en uit te wrijven. Ook het vocht uit de vrouwelijke geslachtsdelen geven een geur af. Aan deze geur kan het mannetje ruiken of een vrouwtje paringsbereid is.
Zowel de Russische, Campbelli als de Roborovski dwerghamster twee klieren in de bek die in de hoek zitten waar de boven- en onderlip bij elkaar komen, vlak bij de ingang van de wangzak. Dit zijn de liphoekklieren. Deze klieren worden op jonge leeftijd gebruikt wanneer ze aangevallen worden. Bij het krijsen open ze hun bek en worden deze klieren opgezet. Deze klieren spugen een mensel van 35 verschillende vluchtige stoffen uit en dat ruikt een beetje naar rotte eieren. Dit doen ze om de aanvaller af te schrikken. Maar de klieren zijn niet alleen voor deze doeleind aanwezig. Uit onderzoek kwam naar voren dat deze klieren belangrijk zijn bij de ontwikkeling van de jongen. Wanneer de klieren niet aanwezig zijn, groeien de jongen heel slecht op en gaan ze vaker dood aan baterièle darminfecties en overmatige gasvorming in de ingewanden. Ook heeft het invloed op de immuumsysteem.
Een ander communicatiemiddel is het maken van geluid. Hamsters kunnen piepjes maken en krijsen. Hamsterbaby's piepen wanneer ze alleen gelaten worden of wanneer ze niet in het nest liggen. De moederhamster hoort dit gepiep
en gaat terug naar haar nest of zorgt er dan voor dat de jonge hamster weer in het nest komt. Volwassen exemplaren maken ook piep geluiden die wij deels niet kunnen horen. Als je goed luistert, kan je piepjes horen wanneer ze onenigheid hebben of wanneer ze aan het paren zijn.
Wanneer een hamster bang is of zich wil overgeven, dan gaan ze vaak krijsen. Krijsen is een hoog schreeuwgeluid. Van de soorten krijst de Russische dwerghamster het snelst en het meest. De Russische dwerghamster is van nature een hele bange dwerghamstersoort.
In gevaarlijke situaties waar ze gefronteerd worden met een vijand of in het nauw gedreven worden, gaan dwerghamsters ook krijsen. Ze proberen met hun gekrijs de vijand weg te jagen. Heel soms komt het voor dat een Syrische hamster in de aanval gaat, maar dit is uitzonderlijk.
Ook met hun bewegingen communiceren ze met elkaar. Het op de rug gaan liggen betekent dat ze zich overgeven. Een vruchtbaar vrouwtje gaat met haar achterwerk tegen het mannetje drukken. Hiermee wil ze aangeven dat ze
gedekt wil worden. Koppeltjes likken elkaar schoon. Dit is een manier om aan te geven dat ze elkaar lief vinden. Campbelli dwerghamsters kunnen in gevaarlijke situaties op de vijand afstormen en eventueel bijten. Ze proberen op deze manier hun vijand te verjagen.